Αν η Ομόνοια αποκλειστεί από την ΚαΪράτ στο Τσάμπιονς Λιγκ θα συνεχίσει την πορεία της στον τρίτο προκριματικό γύρο του Γιουρόπα Λιγκ. Εκεί θα κληθεί να αντιμετωπίσει τον ηττημένο ενός από τα εξής ζευγάρια σύμφωνα με την προκλήρωση:
Κουόπιο – Σαμπάχ,
Λίνκολν Ρεντ Ιμπς – Μιάλμπι
Σλόβαν Μπρατισλάβας – Ιμπέρια 1999