Το 2000 βραβεύθηκε από την Ακαδημία Αθηνών με το Βραβείο της Τάξεως των Γραμμάτων και Καλών Τεχνών για διακεκριμένο νέο αρχιτέκτονα έως 40 ετών. Η Αμαλία Κωτσάκη έχει διακριθεί με 12 βραβεία σε πανελλήνιους και διεθνείς αρχιτεκτονικούς διαγωνισμούς, ενώ παράλληλα με τη διδασκαλία στο Τμήμα Αρχιτεκτόνων στο Πολυτεχνείο Κρήτης έχει επιμεληθεί αρχιτεκτονικές εκδόσεις, έχει αρθρογραφήσει και έχει δημοσιεύσει ερευνητικές εργασίες σε θέματα νεοελληνικής αρχιτεκτονικής και πολεοδομίας. Μέσα από τη μελέτη της για τo Δικαστικό Μέγαρο της Αθήνας κατέγραψε τη σχέση της αρχιτεκτονικής με την πολιτική.
