Η διαχείριση των φαρμάκων και αναλωσίμων στο πλαίσιο του ΓεΣΥ έχει προκαλέσει σοβαρές ανησυχίες για την αποτελεσματικότητα και την αξιοπιστία του συστήματος. Σύμφωνα με την τελευταία έκθεση του Οργανισμού Ασφάλισης Υγείας (ΟΑΥ), παρατηρούνται σοβαρές παρατυπίες και σπατάλες στον τρόπο με τον οποίο χορηγούνται τα φάρμακα στους δικαιούχους του Συστήματος, προκαλώντας σημαντικά προβλήματα στην εξυπηρέτηση των ασθενών.
